南通市为多民族杂居地区，汉族人口占常住人口99.7%以上；有少数民族52个，约占常住人口0.3%。常住人口千人以上的少数民族有苗族、土家族、侗族、布依族、彝族、回族。
南通市有佛教、道教、伊斯兰教、天主教、基督教五大宗教。2018年，全市有各类宗教团体23个，经政府批准的宗教活动场所179处，其中佛教97处、道教15处、伊斯兰教1处、天主教23处、基督教43处；宗教教职人员569人，其中佛教407人、道教64人、伊斯兰教1人、天主教32人、基督教65人；信教群众近21万人（按最新统计口径）。