南通市为多民族杂居地区，汉族人口占常住人口99.7%以上；有少数民族52个，约占常住人口0.3%。常住人口千人以上的少数民族有苗族、土家族、侗族、布依族、彝族、回族。2016年，南通市实施农村少数民族贫困户脱贫致富奔现代化工程，建成少数民族扶贫生产基地63家，吸收少数民族贫困户就业700多人。南通市有佛教、道教、伊斯兰教、天主教、基督教五大宗教。2016年，全市有各类宗教团体23个，经政府批准的宗教活动场所178处，其中佛教96处、道教15处、伊斯兰教1处、天主教23处、基督教43处；宗教教职人员566人，其中佛教379人、道教49人、伊斯兰教1人、天主教32人、基督教105人；信教群众近60万人。推进宗教活动场所规范有序管理，如东国清寺获评省第三批五星级宗教活动场所，全市省五星级宗教活动场所增至5处。2家五星级档案室通过省、市宗教活动场所档案管理验收。宗教慈善周募集善款200余万元，全部用于济危扶困。推进“12315少数民族维权联络站”及清真拉面管理小组工作，化解处置各类矛盾纠纷10余起。全年开展安全检查72余次，共发现安全隐患84个，全部整改落实到位，确保了全市宗教活动场所全年未发生一起安全事故。组织民族宗教政策法规进社区（村居）活动，制作宣传橱窗，刊印《法润江海》3万份。