南通市是江苏省宗教工作的重点地区之一，在全省宗教工作中居于重要地位。我市佛教、道教、伊斯兰教、天主教、基督教五教俱全。80%以上的宗教活动场所和信教群众在农村。
南通宗教具有三个方面的特点：一是五教汇集。历史上，五大宗教很早就传入南通，并建有各自的活动场所。尤其是天主教，江苏省共有四个教区，海门教区就是其中之一。二是信众广泛。众多的信教群众是一支重要的社会群体。做好信教群众的工作，有利于南通的宗教和睦、民族团结和社会稳定。三是场所庄严。狼山广教寺素有中国八小佛教名山之称，是国内唯一的大势至菩萨道场，在苏浙沪乃至全国都具有较大的影响。每年正月初五，均有数万来自全国各地的佛教信徒来此朝山礼佛。南通天宁寺、南通城隍庙、狼山天主堂、海门天主堂、二甲香光寺、如东国清寺、如皋定慧寺等一批宗教活动场所在全国享有较高知名度。
近几年来，在南通市委、市政府的正确领导下，市民宗局坚持“全面正确地贯彻党的宗教信仰自由政策，依法管理宗教事务，坚持独立自主自办原则，积极引导宗教与社会主义社会相适应”的宗教工作基本方针，主动将宗教工作服从、服务于全市工作大局，加强依法管理、注重教育引导、积极探索创新，深入开展和谐寺观教堂建设，不断提高宗教教职人员队伍素质，大力开展慈善公益事业，建立健全宗教领域平安创建长效管理机制，确保宗教领域和谐稳定。